Analyse documentaire. Ce Test compare quatre solutions à partir de leurs tarifs et documentations officielles consultés le 27 octobre 2026. PME DIGITAL n’a ouvert aucun dossier, importé aucune comptabilité médicale et ne mesure donc ni qualité réelle du support, ni exactitude d’une déclaration produite, ni délai de réponse d’un expert-comptable.
Nous avons étudié cinq besoins concrets : tenue recettes-dépenses, déclaration 2035, immobilisations et véhicule, rétrocessions d’honoraires, gestion éventuelle d’une SCM et préparation de la facturation électronique. Nous distinguons surtout un logiciel autonome, une interface de collaboration et une mission d’expertise comptable : ces services n’engagent pas la même responsabilité et leurs prix ne couvrent pas le même périmètre.
Affiliation : Indy est partenaire de PME DIGITAL, mais le lien affilié disponible cible uniquement la création d’entreprise. Il n’est donc pas utilisé pour cette offre comptable. macompta.fr, Dougs et Tiime sont présentés avec des liens officiels non affiliés. Le classement repose sur la couverture de la 2035, l’autonomie réelle, la collaboration comptable, les besoins d’une SCM et le coût documenté.
Un médecin en entreprise individuelle au régime de la déclaration contrôlée doit tenir une comptabilité BNC et déposer une déclaration 2035. Le logiciel doit gérer les encaissements, dépenses, immobilisations, indemnités kilométriques, cotisations sociales et réintégrations fiscales. En micro-BNC, le besoin est plus léger ; en SEL ou avec une activité mixte, le cadre peut changer. Une SCM ajoute sa propre déclaration 2036 et une ventilation rigoureuse des dépenses communes.
Les honoraires, remplacements et rétrocessions doivent pouvoir être identifiés sans mélanger comptabilité et dossier médical. Les libellés et pièces transmis à un logiciel comptable ne doivent pas contenir inutilement de diagnostics ou de données de santé. Les actes de soins à finalité thérapeutique sont en principe exonérés de TVA, tandis que certaines prestations hors soins peuvent être taxables : le paramétrage doit suivre l’activité réelle.
Depuis le 1er septembre 2026, toutes les entreprises doivent être capables de recevoir des factures électroniques. Pour un médecin, cela concerne notamment les factures fournisseurs. L’émission dépend de la nature des opérations et des clients ; il faut distinguer soins aux patients, prestations B2B, expertises et activités accessoires avant d’automatiser la TVA ou l’e-reporting.
Indy est le choix le plus direct pour un médecin en entreprise individuelle BNC qui veut synchroniser ses comptes, catégoriser ses opérations, préparer et télétransmettre sa déclaration 2035 sans déléguer toute sa comptabilité. L’offre Autonomie pour une EI en BNC est affichée à 264 € HT par an, soit 22 € HT par mois en paiement annuel, ou 28 € HT en paiement mensuel. Elle inclut notamment la 2035, la télétransmission, la 2042-C-PRO, la CFE, la DAS2 et la DSFU.
La solution reste un parcours autonome accompagné par des spécialistes, pas une mission traditionnelle d’expert-comptable dans cette formule. Un cabinet avec plusieurs structures, une SEL complexe ou des traitements fiscaux atypiques doit vérifier l’éligibilité et le niveau de contrôle nécessaire. Une formule avec expert-comptable partenaire existe à un tarif supérieur.
macompta.fr est particulièrement intéressant lorsque le médecin veut assembler des modules précis. La page professions libérales affiche la comptabilité à partir de 15,40 € HT par mois et les déclarations fiscales à partir de 8,75 € HT par mois, en formule annuelle hors remise. L’ensemble représente 24,15 € HT par mois avant éventuels modules complémentaires.
Le module fiscal annonce la création et la télétransmission de la 2035 ainsi que la 2036 d’une SCM. C’est un avantage concret pour un cabinet médical partageant locaux, personnel ou équipements. En revanche, l’approche modulaire impose de vérifier quels modules sont indispensables — immobilisations, facturation ou paie — et de recalculer le coût final.
Dougs se distingue des trois logiciels autonomes : il s’agit d’un cabinet d’expertise comptable en ligne appuyé sur une application. Son tarif officiel indique un pack Essentiel à partir de 49 € HT par mois pour les professions libérales ou les BNC, avec bilan et liasse fiscale transmis à l’administration selon l’offre.
Ce positionnement convient au médecin qui préfère confier la production fiscale et disposer d’un interlocuteur plutôt que valider seul chaque traitement. Le prix est supérieur à celui d’un outil autonome, et il faut confirmer par écrit la gestion des spécificités du dossier : SCM, rétrocessions, remplacement, activité taxable, SEL, paie ou patrimoine professionnel.
Tiime propose une offre Free pour la facturation électronique, puis des formules pour indépendants : Initial à 9,99 €, Smart à 17,99 € et Business à 24,99 € HT par mois, facturées annuellement selon la page tarifaire. Smart ajoute notamment la synchronisation bancaire, les justificatifs, les indemnités kilométriques et la collaboration avec un expert-comptable.
Pour un médecin, Tiime peut centraliser facturation, achats et échanges avec le cabinet comptable. La page officielle dédiée aux médecins met en avant la facturation gratuite. En revanche, l’abonnement logiciel ne doit pas être confondu avec les honoraires de l’expert-comptable ni avec une télétransmission autonome de la 2035 : ces éléments doivent être chiffrés séparément.
Avant de migrer, demandez un test sur un mois représentatif avec honoraires, prélèvements sociaux, cotisations, frais de véhicule, immobilisations, rétrocessions et dépenses de SCM. Vérifiez aussi la reprise de l’historique, l’export complet, la procédure de résiliation et l’identité de la plateforme agréée retenue pour recevoir les factures électroniques.
Indy automatise la tenue BNC et annonce la génération puis la télétransmission de la déclaration 2035. Voir les tarifs officiels Indy. Aucun lien affilié n’est utilisé ici : celui fourni à PME DIGITAL cible la création d’entreprise, pas cette offre comptable.
Limite : l’offre Autonomie ne remplace pas une mission d’expert-comptable pour un dossier complexe.
macompta.fr propose des modules séparés pour la comptabilité et les déclarations fiscales. Voir l’offre officielle pour professions libérales (lien non affilié).
Dougs combine une application et une mission d’expertise comptable en ligne. Voir les tarifs officiels Dougs (lien non affilié).
Limite : SCM, activité mixte, SEL et options doivent être confirmées dans le devis.
Tiime réunit facturation, compte professionnel et préparation comptable selon la formule. Voir les tarifs officiels Tiime (lien non affilié).
Limite : la 2035 et les honoraires de l’expert-comptable ne sont pas inclus de façon autonome dans ce prix.
Indy
macompta.fr
Dougs
Tiime
Prix documenté
22 € HT/mois en annuel pour EI BNC Autonomie
15,40 € + 8,75 € HT/mois pour compta + fiscal
Dès 49 € HT/mois pour BNC
Free ; Smart 17,99 € HT/mois en annuel
Déclaration 2035
Génération et télétransmission annoncées
Génération et télétransmission annoncées
Prise en charge par le cabinet selon l’offre
À traiter avec l’expert-comptable
SCM / déclaration 2036
Éligibilité à vérifier
2036 explicitement annoncée
À confirmer dans le devis
Collaboration possible ; production à confirmer
Meilleur usage documentaire
Autonomie BNC
Gestion modulaire et SCM
Délégation comptable
Facturation et collaboration
Indy est notre recommandation documentaire pour un médecin en EI BNC qui veut gérer et télétransmettre sa 2035 en autonomie. macompta.fr est le choix le plus explicite pour associer 2035 et 2036 de SCM. Dougs convient davantage à celui qui souhaite déléguer à un expert-comptable. Tiime est surtout pertinent comme couche de facturation et de collaboration avec un cabinet.
Demandez une confirmation écrite du régime couvert, des déclarations incluses, de la gestion des rétrocessions et immobilisations, de la compatibilité SCM ou SEL, du coût de reprise et du prix total annuel. Ne transmettez pas de données de santé inutiles dans les libellés ou justificatifs comptables.
Indy est partenaire de PME DIGITAL, mais aucun lien affilié n’est utilisé sur cette page : le lien disponible cible la création d’entreprise et non l’offre comptable BNC. macompta.fr, Dougs et Tiime sont présentés avec des liens officiels non affiliés. L’affiliation n’a pas déterminé la recommandation.
Sources consultées le 27 octobre 2026 : Indy — tarifs, macompta.fr — professions libérales, Dougs — tarifs, Tiime — tarifs, Tiime — facturation pour médecins, Service-Public — déclaration contrôlée BNC, BOFiP — TVA sur les soins et impots.gouv.fr — facturation électronique. Tarifs, périmètres et règles peuvent évoluer ; vérifiez-les avant souscription.
