Les 4 meilleurs logiciels de comptabilité pour kinésithérapeutes en 2026

Indy, VEGA, Comptasanté et macompta.fr comparés pour un kinésithérapeute : 2035, télétransmission, fonctions métier, délégation et prix.
Kinésithérapeute comparant quatre logiciels de comptabilité en 2026

Notre méthode : comparer quatre modèles, pas seulement quatre prix

Analyse documentaire. Ce Test compare quatre solutions à partir de leurs pages officielles consultées le 5 novembre 2026. PME DIGITAL n’a créé aucun dossier patient, télétransmis aucune feuille de soins et produit aucune déclaration 2035 avec ces outils. Nous ne prétendons donc pas mesurer leur ergonomie réelle, la qualité du support, la fiabilité d’une migration ou la pertinence d’un conseil comptable.

La comparaison porte sur six besoins d’un masseur-kinésithérapeute libéral : tenue BNC, déclaration 2035, immobilisations et indemnités kilométriques, rétrocessions et redevances, facturation/télétransmission des soins, puis niveau d’accompagnement. Les quatre offres ne rendent pas exactement le même service : Indy et macompta.fr sont d’abord des outils comptables, VEGA est un logiciel métier incluant une gestion comptable, tandis que Comptasanté est une prestation d’expertise comptable présentée par Topaze.

Affiliation : Indy est partenaire de PME DIGITAL. Le lien affilié disponible cible toutefois la création d’entreprise, et non l’offre comptable pour kinésithérapeutes ; il n’est donc pas utilisé sur cette page. VEGA, Topaze/Comptasanté et macompta.fr sont présentés avec des liens officiels non affiliés. La recommandation repose sur le périmètre documenté, pas sur l’affiliation.

Kiné libéral : séparer logiciel de soins et comptabilité BNC

Un kinésithérapeute peut relever du micro-BNC ou de la déclaration contrôlée selon sa situation et ses options. Au régime de la déclaration contrôlée, il faut notamment tenir une comptabilité recettes-dépenses, suivre les immobilisations et établir une déclaration 2035. La page officielle Service-Public consacrée aux BNC rappelle le cadre général ; un changement de régime ou une structure en société mérite une validation professionnelle.

La facturation des soins est un autre sujet. FSE, carte Vitale, cotations, tiers payant, dossiers patients et télétransmission vers l’Assurance Maladie relèvent du logiciel métier. Une application comptable peut récupérer les encaissements bancaires sans remplacer cet environnement. À l’inverse, un logiciel de cabinet peut suivre les paiements sans couvrir tous les contrôles fiscaux ou toutes les structures. Cette distinction explique pourquoi VEGA peut être pertinent comme tout-en-un, alors qu’Indy ou macompta.fr peuvent compléter un logiciel de soins déjà installé.

Avant tout choix, listez les flux spécifiques : honoraires, rétrocessions versées ou reçues, redevance de collaboration, SCM, déplacements à domicile, matériel amortissable, activité non thérapeutique éventuellement soumise à TVA et remplacement. Évitez aussi de faire remonter dans les libellés ou justificatifs comptables des données de santé qui ne sont pas nécessaires à la tenue des comptes.

Analyse documentaire des quatre solutions

Indy : notre recommandation pour une 2035 autonome

Indy dispose d’une page dédiée aux kinésithérapeutes. L’éditeur annonce la synchronisation bancaire, le classement automatique, la préparation et la télétransmission de la 2035. Son offre pour entreprise individuelle à l’IR est affichée à partir de 22 € HT par mois avec facturation annuelle à 264 € HT, ou 28 € HT en paiement mensuel, selon la page de prix officielle.

C’est le choix documentaire le plus cohérent pour un kiné déjà équipé pour les FSE et qui veut produire lui-même sa comptabilité BNC. La formule autonome ne remplace pas une mission d’expert-comptable pour une SEL, une SCM complexe ou une activité mixte. Indy ne remplace pas non plus le logiciel métier de télétransmission des soins.

VEGA : le tout-en-un métier avec gestion comptable 2035

VEGA se distingue parce qu’il réunit facturation des soins, télétransmission, suivi de patientèle, bilans et suivi d’activité. La page officielle kinésithérapeute affiche un prix à partir de 45 € par mois ; l’offre indique une gestion comptable 2035 incluse. Les lecteurs de carte Vitale et l’agenda CLICKDOC restent annoncés en supplément, et les données du logiciel sont stockées localement selon la FAQ : une politique de sauvegarde est donc indispensable.

VEGA est le meilleur candidat si l’objectif prioritaire est de rapprocher actes, paiements et comptabilité dans un outil métier. Il faut toutefois demander une démonstration précise du parcours 2035, des exports et de la reprise des données. La page visible n’explicite pas clairement si le prix « à partir de 45 € » est HT ou TTC : faites confirmer la base fiscale et le coût total par devis.

Comptasanté via Topaze : pour déléguer à un cabinet

Topaze présente Comptasanté comme une prestation assurée par un cabinet d’expertise comptable pour kinésithérapeutes. Le pack Essentiel est affiché à 55 € par mois, soit 66 € TTC, avec suivi mensuel, déclarations fiscales et sociales BNC, immobilisations, indemnités kilométriques et bilan visé. Les packs Équilibre et Expert sont affichés à 89 € et 105 € par mois.

Ce modèle convient au praticien qui veut déléguer plutôt que valider seul ses catégories et déclarations. Il faut distinguer la prestation Comptasanté du logiciel Topaze Air : ce ne sont pas le même abonnement ni le même périmètre. Une offre temporaire est indiquée pour certains clients Topaze sur la page officielle, mais elle doit être confirmée au moment de souscrire et n’entre pas dans notre classement.

macompta.fr : le choix modulaire pour BNC et SCM

La page professions libérales de macompta.fr affiche le module Comptabilité à partir de 15,40 € HT par mois et les Déclarations fiscales à partir de 8,75 € HT par mois, en formule annuelle hors remise. La combinaison minimale comptabilité + fiscal revient donc à 24,15 € HT par mois avant modules complémentaires. La 2035 et la 2036 d’une SCM sont explicitement annoncées.

L’approche modulaire est utile pour un cabinet partagé ou un kiné qui veut conserver la main sur sa comptabilité. Elle oblige cependant à chiffrer séparément immobilisations, facturation ou autres besoins. Comme Indy, macompta.fr ne remplace pas un logiciel SESAM-Vitale destiné aux FSE et au suivi des soins.

Quel logiciel choisir selon votre organisation ?

  • Kiné en EI BNC déjà équipé pour la télétransmission : Indy est notre recommandation documentaire pour préparer et télétransmettre la 2035 en autonomie.
  • Praticien qui veut un seul environnement métier : VEGA est le plus intégré des quatre pour les soins, les paiements et la gestion comptable, sous réserve de valider le parcours fiscal en démonstration.
  • Kiné qui préfère déléguer : Comptasanté est le choix le plus cohérent, car il s’agit d’une prestation comptable et non d’un simple logiciel autonome.
  • Cabinet avec SCM ou besoin de modules précis : macompta.fr est le plus explicite sur la 2035 et la 2036, mais le coût final dépend des modules retenus.

Avant de migrer, faites tester un mois représentatif comprenant actes, tiers payant, rétrocessions, dépenses de véhicule, immobilisations et frais partagés. Demandez par écrit le coût de reprise, les exports disponibles, la durée d’engagement, les sauvegardes, la responsabilité de validation et les déclarations réellement incluses.

Les 4 solutions à comparer pour la comptabilité d’un kinésithérapeute

🏆 Notre recommandation

1. Indy — notre recommandation pour la 2035 en autonomie

Logo Indy pour le comparatif comptabilité indépendant

Indy automatise la tenue BNC et annonce la génération puis la télétransmission de la 2035. Voir l’offre officielle pour kinésithérapeutes. Aucun lien affilié n’est utilisé ici : celui disponible pour PME DIGITAL cible la création d’entreprise.

  • À partir de 22 € HT/mois en annuel pour une EI à l’IR.
  • 2035, synchronisation bancaire et télétransmission annoncées.
  • Parcours spécifiquement documenté pour les kinés.

Limite : ne remplace ni un logiciel SESAM-Vitale ni un expert-comptable pour un dossier complexe.

2. VEGA — le tout-en-un métier avec 2035

Logo du logiciel VEGA

VEGA associe logiciel métier, facturation, télétransmission, suivi patient et gestion comptable. Voir l’offre officielle VEGA pour kinés (lien non affilié).

3. Comptasanté — pour déléguer sa comptabilité

Topaze présente Comptasanté comme un service de cabinet d’expertise comptable adapté aux kinés. Voir les packs officiels Comptasanté (lien non affilié).

  • Pack Essentiel affiché à 55 €/mois, soit 66 € TTC.
  • Déclarations BNC, immobilisations et IK incluses.
  • Bilan visé par un expert-comptable.

Limite : service distinct du logiciel Topaze Air ; périmètre exact à contractualiser.

4. macompta.fr — la solution modulaire pour BNC et SCM

Logo macompta.fr

macompta.fr sépare comptabilité, fiscalité et modules complémentaires. Voir l’offre officielle pour professions libérales (lien non affilié).

  • 24,15 € HT/mois en annuel pour comptabilité + fiscalité.
  • 2035 et 2036 de SCM explicitement annoncées.
  • Modules adaptables au niveau d’autonomie recherché.

Limite : additionner tous les modules nécessaires pour connaître le coût réel.

Tableau comparatif : 2035, fonctions métier, délégation et prix

Indy

VEGA

Comptasanté

macompta.fr

Prix officiel documenté

22 € HT/mois en annuel ; 28 € HT en mensuel

À partir de 45 €/mois ; HT/TTC à confirmer

Essentiel 55 €/mois, soit 66 € TTC

24,15 € HT/mois pour compta + fiscal en annuel

2035 et responsabilité

Préparation et télétransmission en autonomie

Gestion comptable 2035 incluse selon l’offre

Déclarations BNC prises en charge par le cabinet

Création et télétransmission annoncées

Fonctions métier kiné

Non : outil comptable distinct

Oui : FSE, patientèle, paiements et bilans

Non : prestation comptable distincte de Topaze Air

Non : outil comptable distinct

Meilleur usage documentaire

EI BNC autonome déjà équipée

Cabinet voulant un tout-en-un métier

Praticien souhaitant déléguer

Gestion modulaire et SCM

Notre verdict : Indy en autonomie, VEGA pour le tout-en-un

Indy est notre recommandation documentaire pour un kiné en EI BNC déjà équipé d’un logiciel de soins et souhaitant gérer sa 2035 en autonomie. VEGA est le choix le plus intégré lorsqu’il faut aussi facturer et télétransmettre les actes. Comptasanté répond au besoin opposé : déléguer la comptabilité à un cabinet. macompta.fr convient à une organisation modulaire, notamment lorsqu’une SCM doit produire une 2036.

Le contrôle indispensable avant de souscrire

Demandez une confirmation écrite du régime couvert, de la télétransmission 2035, des rétrocessions, immobilisations, IK, SCM ou SEL, du coût de migration, des sauvegardes et des exports. Pour VEGA, faites préciser la base HT ou TTC du prix affiché et les équipements en supplément. Pour Comptasanté, contractualisez les déclarations et structures effectivement prises en charge.

Transparence sur l’affiliation

Indy est partenaire de PME DIGITAL, mais aucun lien affilié n’est utilisé sur cette page : le lien disponible cible la création d’entreprise et non l’offre comptable pour kinésithérapeutes. VEGA, Topaze/Comptasanté et macompta.fr sont cités avec des liens officiels non affiliés. Cette relation commerciale n’a pas déterminé le classement.

Sources officielles et limites

Sources consultées le 5 novembre 2026 : Indy — comptabilité kiné, Indy — tarifs, VEGA — offre kinésithérapeute, Topaze — Comptasanté, macompta.fr — professions libérales et Service-Public — déclaration contrôlée BNC. Les prix « à partir de » et offres commerciales peuvent évoluer ; vérifiez le devis et les conditions auprès du fournisseur.